الأمانة العامة للجامعة تحت مسؤولية الأمين العام، المسؤول عن التشغيل والهياكل الإدارية والمالية وكذا تحت سلطته الخدمات المشتركة الإدارية والفنية. يتولى الأمين العام قيادة الأمانة العامة والمشاركة في إدارة الجامعة