طبقا للقرار الوزاري المشترك المؤرخ في: 2004، والمحدد للتنظيم الاداري لمديرية الجامعة والكلية والمعهد وملحقة الجامعة ومصالحها المشتركة.، فإن الأمانة العامة للمعهد تتكفل بما يأتي:
- تحضير مشروع مخطط تسيير الموارد البشرية للمعهد وضمان تنفيذه
- تسيير المسار المهني لمستخدمي المعهد
- ضمان تسيير الأرشيف وتوثيق المعهد والمحافظة عليهما
- تحضير مشروع ميزانية المعهد وضمان تنفيذه
- ترقية الأنشطة العلمية والثقافية والرياضية لفائدة الطلبة بالتنسيق مع الهيئات المعنية لمديرية الجامعة
- تسيير الوسائل المنقولة والعقارية للمعهد والسهر على صيانتها
- ضمان تنفيذ مخطط الأمن الداخلي للمعهد
وللتمكن من تنفيذ مهامها، فإن الأمانة العامة للمعهد تتضمن عدة مصالح، هي:
مصلحة المستخدمين
- فرع الأساتذة
- فرع المستخدمين الاداريين والتقنيين وأعوان المصالح
مصلحة الميزانية والمحاسبة
- فرع الميزانية
- فرع المحاسبة
مصلحة الوسائل والصيانة
- فرع الوسائل
- فرع الصيانة